Федеральный государственный контроль и надзор в пределах внутренних морских вод, территориального моря, исключительной экономической зоны и континентального шельфа Российской Федерации, в соответствии со своими полномочиями осуществляет Росприроднадзор во взаимодействии с правоохранительными и иными государственными контрольно-надзорными органами. Росприроднадзор осуществляет также мониторинг состояния объектов хозяйственной деятельности на море и окружающей среды, выдает разрешения на создание, эксплуатацию и использование искусственных островов, сооружений и установок, прокладку подводных кабелей и трубопроводов, проведение буровых работ, связанных с геологическим изучением, поиском, разведкой и разработкой минеральных ресурсов. Площадь подконтрольных акваторий составляет 10781,8 тыс. км2, протяженность береговой линии - более 55 032 км.

Основной целью надзорной деятельности на море является обеспечение сохранения, рационального использования минеральных и живых ресурсов, охрана недр и морской среды на континентальном шельфе Российской Федерации. Росприроднадзор осуществляет контроль и надзор:

• в области охраны, использования и воспроизводства объектов животного мира и среды их обитания (кроме объектов охоты и рыболовства) в пределах внутренних морских вод и территориального моря Российской Федерации, а также береговой линии и прибрежной полосы внутренних морских вод и территориального моря Российской Федерации;
• в области функционирования морских акваторий особо охраняемых природных территорий федерального значения;
• за геологическим изучением, рациональным использованием и охраной недр в пределах внутренних морских вод, территориального моря, исключительной экономической зоны и континентального шельфа Российской Федерации, а также береговой линии и прибрежной полосы внутренних морских вод и территориального моря Российской Федерации;
• за использованием и охраной водных объектов;
• за соблюдением законодательства Российской Федерации и международных норм и стандартов в области морской среды и природных ресурсов внутренних морских вод, территориального моря и исключительной экономической зоны Российской Федерации;
• за рациональным использованием минеральных и живых ресурсов на континентальном шельфе Российской Федерации;
• осуществление государственного земельного контроля в пределах своей компетенции в отношении земель водного фонда.

В настоящее время на территории Российской Федерации функционирует более 60 морских портов, а ряд морских терминалов находится в стадии строительства. Увеличилось количество судозаходов в российские порты, в том числе танкеров. На акваториях российских морей постоянно увеличивается объём работ по поиску, разведке и добыче углеводородных ресурсов.

Продолжается загрязнения морской среды из различных источников: в составе неочищенных, либо недостаточно очищенных сточных вод напрямую попадающих в море; из рек, впадающих в моря, собирающих на водосборном бассейне сбросы сточных вод от промышленных предприятий, муниципальных очистных сооружений; диффузорных источников - смывы с сельхозугодий, полигоны опасных отходов, несанкционированные свалки; трансграничный перенос загрязняющих веществ; сброс загрязняющих веществ с судов и кораблей; производство гидротехнических работ, связанных в перемещением донных отложений и грунтов; аварийные ситуации, связанные с залповым поступлением загрязняющих веществ.

Значительное влияние на морскую среду оказывает реализация крупных проектов, к примеру, таких как строительство Морского пассажирского терминала, а также строительство каналов Комплекса защитных сооружений Санкт-Петербурга от наводнений. Шлейф взвешенных веществ от этих работ распространялся по акватории Финского залива от берега до берега, вплоть до острова Сескар.

Значительной проблемой, особенно для дальневосточных и северных морей является их захламление в результате сброса в море твердых бытовых отходов, мусора, орудий лова, а также в результате затопления судов. Только в Авачинской губе, на берегах которой располагается г. Петропавловск-Камчатский, захоронено около 100 судов. Кроме того, основной причиной поступления загрязняющих веществ в морские объекты, особенно в Дальневосточном и Южном федеральных округах является недостаточное количество очистных сооружений, неудовлетворительное санитарно-техническое состояние большей части глубоководных выпусков очистных сооружений, недостаточная их протяженность по сравнению с нормативными, причем в большинстве случаев очистные сооружения не обеспечивают должной очистки сточных вод, а расширение и строительство новых сооружений не ведётся. Интенсивная хозяйственная деятельность, безусловно, оказывает влияние на качество морских вод. Экологическая обстановка на морских акваториях с каждым годом усложняется. Морские воды и донные отложения повсеместно загрязнены нефтепродуктами, фенолами, пестицидами и солями тяжелых металлов.

В Дальневосточном федеральном округе до сих пор не решены проблемы, связанные с утилизацией кораблей Военно-Морского Флота России, базированием атомных подводных лодок и брошенных военных городков, затопленных кораблей. Многие порты дальневосточных морей не готовы к обеспечению требований экологической безопасности: не обеспечено проведение экспресс-анализов сбрасываемых с танкеров балластных вод в акваторию; не решаются вопросы об организации в портах приема сточных вод, нефтесодержащих вод, бытовых отходов и мусора с танкеров и судов портового флота; отсутствует государственная служба ликвидации аварийных разливов нефти (ЛАРН), а существующие службы принадлежат отдельным компаниям и в случае не установленного источника загрязнения морской среды их привлечение к ликвидации этого загрязнения становится проблематичным; отсутствует эффективное оборудование, а также методика ликвидации аварийных разливов нефти в зимнее время и в условиях низких температур.

Экологическое состояние Черного и Азовского морей оценивается как неблагоприятное. Экологическую ситуацию усугубило происшествие в Керченском проливе в ноябре 2007 года, в результате которого в море попало около 3 тыс. тонн нефти и 7 тысяч тонн серы.