Из общего объёма сброса загрязнённых сточных вод в Баренцево море наибольший объём приходится на Кольский залив и в том числе от г. Мурманска (ГОУП «Мурманскводоканал»), например, за 2007 год -35,21 млн. м3 или 64,7%.

За 2006 г. по данным ГУ «Мурманское УГМС» прибрежные морские воды интенсивно загрязняются сточными водами флотов и предприятиями, главным образом, Минтранса России и Минобороны России, федеральных органов исполнительной власти по строительству и рыболовству, а также сточными водами муниципальных предприятий. В большей степени это относится к Кольскому заливу, рыбохозяйственному водоёму высшей категории, состояние которого характеризуется высоким уровнем загрязнения. Это закономерный результат непрекращающегося сброса в залив неочищенных сточных вод. Особую опасность, а именно, угрозу радиационного загрязнения, представляют собой суда и хранилища радиоактивных отходов ФГУП «Атомфлот» и Северного флота ВМФ. В водах залива постоянно отмечается повышенное содержание нефтепродуктов и фенолов, а также тяжелых металлов, которые затем накапливаются в донных морских отложениях, создавая угрозу вторичного загрязнения морских вод. По индексу загрязненности вод (1,99), качество вод в Кольском заливе в районе водпоста оценивается V классом (грязные).

Печенгскую губу загрязняют хозбытовые сточные воды поселков Печенга и Лиинахамари.